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EP出願で発明の単一性がない場合、請求項の最初に記載された発明の属する群について部分サーチレポート(partial search report)が作成され、それ以外の群について調査をしてもらうには、追加サーチ料の支払いが必要です。
追加サーチ料が支払った場合、追加サーチが行われ、審査段階で、単一性があるかどうか再度検討され、
単一性があると判断された場合には、追加サーチ料は返還されます。

Rule 64
European search report where the invention lacks unity
(1)* If the European Patent Office considers that the European patent application does not comply with the requirement of unity of invention, it shall draw up a partial search report on those parts of the application which relate to the invention, or the group of inventions within the meaning of Article 82, first mentioned in the claims. It shall inform the applicant that, for the European search report to cover the other inventions, a further search fee must be paid, in respect of each invention involved, within a period of two months. The European search report shall be drawn up for the parts of the application relating to inventions in respect of which search fees have been paid.
(2) Any fee paid under paragraph 1 shall be refunded if, during the examination of the European patent application, the applicant requests a refund and the Examining Division finds that the communication under paragraph 1 was not justified.
また、追加サーチ料を支払った後に、分割出願をした場合、分割出願でのサーチレポートが原出願でのサーチレポートに基づいて作成されている場合、分割出願において支払ったサーチ料が返還される場合があります。
Rules relating to Fees
Article 9 – Refund of search fees
(1) The search fee paid for a European or supplementary European search shall be fully refunded if the European patent application is withdrawn or refused or deemed to be withdrawn at a time when the Office has not yet begun to draw up the search report.
(2)18 Where the European search report is based on an earlier search report prepared by the Office on an application whose priority is claimed or an earlier application within the meaning of Article 76 of the Convention or of Rule 17 of the Convention, the Office shall refund to the applicant, in accordance with a decision of its President, an amount which shall depend on the type of earlier search and the extent to which the Office benefits from the earlier search report when carrying out the subsequent search.
（2018/11/06追記）
追加サーチ料を支払わない場合、その後、審査段階で、単一性を争うことはできません。
従って、審査段階で単一性があるとの主張が認められそうな場合は、追加サーチ料を支払うメリットがあると思います。一方、その主張が認められる可能性が小さい場合は、追加サーチ料が無駄になる可能性があるので、追加サーチ料を支払うことは得策ではないと思います。
追加サーチ料を支払わなくても、審査段階で、単一性を争うことができるようです。
部分ESRの対応とその後のシナリオ : 徒然なるままに欧州・ドイツ特許実務