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以下の記事で頂いたコメントに対する回答です。
> ご回答ありがとうございました。もう少し教えてください。
> 単一性を満たしているという旨の反論をしても認められなかった場合には、その出願は拒絶査定になってしまうのでしょうか？
> EPC、規則、ガイドラインを確認してみたところ、そのような出願が拒絶されるという根拠は、ちょっと見当たらないようなのですが。
> サーチ段階で、追加費用を支払っていて、実質的に審査も終わっていても、単一性を満たしていないと特許されないというのは、背景に何か強いポリシー（「一発明一特許？」）があるようにも感じます。
以下の条文が根拠になると思います。
出願の要件
第82条　単一性
　EP出願は、単一性を満たす必要がある。
特許までの手続き
第９７条２項
この条約の要件を満たさなければ、拒絶される。
The European Patent Convention, Convention on the Grant of European Patents – (European Patent Convention)
PART III
THE EUROPEAN PATENT APPLICATION
Chapter I
Filing and requirements of the European patent application
Art. 82　Unity of invention
The European patent application shall relate to one invention only or to a group of inventions so linked as to form a single general inventive concept.
PART IV
PROCEDURE UP TO GRANT
Article 97 Grant or refusal
(2)
If the Examining Division is of the opinion that the European patent application or the invention to which it relates does not meet the requirements of this Convention, it shall refuse the application unless this Convention provides for a different legal consequence.